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SNPs und Allele

von Smokey » 29. Okt 2013 20:30

SNPs und Allele

Hallo,

ich brauche eure Hilfe. Ich komme nicht ganz drauf.
Liege ich richtig, dass ein
Gen - eine ganze Sequenz ist, also aus mehreren Basenpaaren besteht?
Allel - eine gewisse Ausprägung des Genes ist (also die Summe mehrerer "veränderter" Basenpaare; ansonsten dürfte es ja nur 4 Allele geben)?
SNP - eine Stelle (ein Basenpaar) in einem Gen/auf einem Strang ist?

aus: http://www.lwk-niedersachsen.de/index.c ... 15546.html
"Der genomische Zuchtwert für ein Tier (=gZW) ist - vereinfacht betrachtet - die Summe seiner SNP-Effekte bzgl. eines Merkmales (Bsp.: Milchmenge in kg) "
Wer weiß da was. Sind das dann die Summe an SNPs auf einem Gen oder mehreren Genen? Der Zusammenhang der SNPs mit zb. Milchmenge kann vorläufig nur angenommen werden durch die sogenannten "Assoziationsstudien" oder?

lg
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von reh » 29. Okt 2013 21:22

Re: SNPs und Allele

mit freundlichen Grüßen
reh

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von Smokey » 30. Okt 2013 16:03

Re: SNPs und Allele

Hab ich eh schon "studiert". Will wissen ob ich das so richtig verstanden habe.

Ab wann ist es "nur" ein verändertes SNP und ab wann spricht man von einem Allel?
Ist es dann ein Allel wenn ein nicht-synonymes SNP einen Aminosäurewechsel nach sich zieht? Oder spricht man erst dann von Allelen wenn es eine cSNP betrifft? Oder wenn es ein rSNP betrifft? Oder hat das eine mit dem anderen etwa gar nichts zu tun?

Das finde ich nicht so dezitiert. Bzw. les ich das nicht raus.

lg
Smokey
 
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von reh » 30. Okt 2013 16:31

Re: SNPs und Allele

Vermutlich ist es dann ein Allel wenn es eine andere Wirkung hat als beim Wildtyp, vorher nimmt es keiner zur Kenntnis.
mit freundlichen Grüßen
reh

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von Smokey » 30. Okt 2013 19:51

Re: SNPs und Allele

Hallo,

das ist die Frage. Zur Zeit ist es halt bei Kaninchen und Co so dass es niemand zur Kenntnis nimmt. In der Rinderzucht dürfte das etwas anders laufen, weil die die sogenannte "Oligonukleotid-Hybridanalyse" durchführen (hast du den oben angeführten Artikel gelesen?), bei der zur Zeit ca. 50000 markierte Stellen (SNPs) als "Marker" nachgewiesen - und somit zur Kenntnis genommen - werden. Damit werden eben (Leistungs)Abweichungen vom "Wildtyp" (wenn ich das richtig verstehe) sichtbar gemacht.
Jetzt frag ich mich wann ich den Begriff Allel in diesem Bezug richtigerweise anwende. Das würde meinem Verständnis sehr dienen und ist nicht eine reine "Begriffsdefinitionsnachfrage".

lg
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